اخبار بد پیچیده شده در پروتئین: در داخل ژنوم کرونا ویروس چه خبر است ؟

زمانی در سال ۱۹۷۷ پیتردوار ایمنولوژیست برنده جایزه نوبل و همسرش ویروس را به قطعه ای از خبر بد که در پروتئین پیچیده شده است توصیف نمودند. در ژانویه امسال دانشمندان این قطعه خبر بد را رمزگشایی کردند.توالی ویروس سارس ۲ ویروسی که عامل بیماری کووید۱۹ می باشد از نمونه ای از یک مرد ۴۱ ساله که در بازار فروش مواد غذایی دریایی در در شهر ووان کار می کرد گرفته شده بود همان جایی که اولین موج بیماران ظاهر شدند. دانشمندان اکنون برای فهم بیشتر این قطعه اطلاعات ویروس که می تواند برای ساخت داروها واکسن ها و یا سایر اقدامات مبارزه با این ویروس در پانزدهمین جهانی کمک کند در حال تلاش و تحقیق هستند.

یک رشته از RNA

ویروس باید سلول زنده را ربوده و در اختیار بگیرد تا بتوانند تکثیر نموده و گسترش پیدا کند وقتی که کرونا ویروس یک سلول مناسب را پیدا می کند رشته خود را به در این رشته که شامل همه ژنوم کوروناویروس است در درون آن تزریق می کنند

ژنوم کرونا ویروس جدید کمتر از ۳۰ هزار حرف طول دارد اندازه ژنوم  انسان سه هزار میلیون می باشد دانشمندان ژن های ۲۹ پروتئین را در این ویروس یافته اند که می توانند فعالیت هایی از قبیل  کپی برداری از کرونا ویروس تا سرکوب پاسخ ایمنی بدن به ویروس را انجام دهند.

توالی های ابتدایی حروف به شرح زیر است

این توالی دستگاه سلولی درون سلول آلوده شده را در اختیار میگیرد تا بتواند حروف A,C,G و U را بخواند و آنها را به پروتئین‌های کوروناویروس ترجمه کند.

ژنوم کامل کروناویروس و پروتئین های محصول رمز گزاری آن در زیر نشان داده شده است.

ORF1ab زنجیره ای از پروتئین ها

اولین پروتئین ویروسی تولید شده در درون سلول آلوده در واقع زنجیره‌ای از ۱۶ پروتئین است دو تا از این پروتئین ها مانند قیچی عمل می کنند که ارتباط بین پروتئین های مختلف را جدا نموده و با قطعه قطعه کردن آن ها و آنها را برای انجام عملکرد خود آزاد می کنند.

تحقیقات در مورد سایر کورو ویروس ها درک خوبی از آنچه برخی از پروتئین های SARS-CoV-2 انجام می دهند به دانشمندان داده است. اما پروتئین های دیگر بسیار راز آلود هستند و برخی ممکن است اصولاً کاری انجام ندهند.

 NSP1 خرابکار سلولی

این پروتئین فعالیت سلولهای آلوده برای تولید پروتئین های خاص خود را کند می کند. این خرابکاری سلولی سلول آلوده را مجبور می کند تا پروتئین های ویروسی بیشتری بسازد و و از طرفی این اقدام مانع از فعالیت سلول برای سوار کردن پروتئین های ضد ویروسی می شود.

 NSP2 پروتئین مرموز

دانشمندان مطمئن نیستند که NSP2 چه کاری انجام می دهد. پروتئین های دیگری که به آنها متصل می شود ممکن است سرنخ هایی را ارائه دهند. دو تا از آن پروتئین ها به حرکت حباب های پر از مولکول به نام اندوزوم در اطراف سلول کمک می کنند.

سکانس ژنومیکی مرتبط با NSP2

NSP3 بریدن و تگ برداری

NSP3 پروتئینی بزرگ است که دو کار مهم دارد. یکی شل کردن و بریدن پروتئین های ویروسی دیگر است تا بتوانند وظایف خود را انجام دهند. دیگر آن که بسیاری از پروتئین های سلول آلوده را تغییر می دهد.

به طور معمول ، سلول سالم پروتئین های قدیمی را برای از بین بردن برچسب گذاری می کند. اما کروناویروس می تواند این برچسب ها را از بین ببرد ، تعادل پروتئین ها را تغییر دهد و احتمالاً توانایی سلول در مبارزه با ویروس را کاهش می دهد.

قسمتی از ژنوم کد کننده SNP3

NSP4:حباب ساز

NSP4 با پروتئین های دیگر در ساخت حباب های پر از مایعات در سلول های آلوده کمک می کند. در داخل این حباب ها ، فطعات نسخه های جدید ویروس ساخته می شند.


NSP5: قیچی پروتئین

این پروتئین بیشتر برش هایی را ایجاد می کند که پروتئین های NSP دیگر را برای انجام کارهای خود آزاد می کند.

NSP6 کارخانه حباب سازی


با NSP3 و NSP4 کار می کند تا حباب های کارخانه ویروس را ایجاد کند.

NSP 7 و NSP8 کمک کننده های نسخه کپی برداری

این دو پروتئین به NSP12 کمک می کند تا نسخه های جدیدی از ژنوم RNA تولید کند ، که در نهایت می تواند درون ویروس های جدید قرار گیرند

NSP9 در قلب سلول

.این پروتئین کانالهای کوچکی را در هسته سلولهای آلوده ، که ژنوم ما را در بر دارد ، نفوذ می کند. از این طریق ممکن است بتواند بر حرکت مولکولها در داخل و خارج از هسته تأثیر بگذارد – ادر حال حاضر دلیل و هدف این کار برای دانشمندان نامعلوم است.

NPS10: استتار ژنتیکی

سلول های انسانی پروتئین های ضد ویروسی دارند که RNA ویروسی را می یابند و آنرا خرد می کنند. این پروتئین با NSP16 برای استتار ژنهای ویروس کار می کند تا به آنها حمله نشود.

NSP12 ماشین کپی

این پروتئین حروف ژنتیکی را درون ژنوم جدید ویروس سوار می کند. محققان دریافته اند که در سایر کورونا ویروس ها داروی ضد ویروس  remdesivir با NSP12 تداخل می کند و آزمایشات به همین دلیل در حال حاضر این دارو از نظر درمامان بیماری کووید ۱۹ در حال بررسی است.

همانطور که سلول آلوده سکانس RNA را برای NSP12 می خواند….

کمی می لغزد و سپس خواندن را ادامه می دهد:


………………………………

…………………………………..

سکانس دیگری ، NSP11 ، با بخشی از همین RNA هم همپوشانی دارد. اما مشخص نیست ;که پروتئین ریزی که توسط این ژن کدگذاری می شود اصولا عملکردی دارد یا خیر؟

NSP13 بازکننده پیچ RNA

به طور معمول ، RNA ویروس در پیچ و تابی پیچیده شده و می چرخد. دانشمندان تصوز می کنند که NSP13 این پیچ را باز می کند تا پروتئین های دیگر بتوانند توالی آن را بخوانند و نسخه های جدیدی بسازند.

NSP14: بررسی و غلط گیری نسخه نهایی ویورس

به تدریج که NSP12 ژنوم coronavirus را کپی می کند ، گاهیحروف اشتباه را به نسخه جدید اضافه می کند. NSP14 این حروف خطا را بریده و به جای آنها حروف صحیح را اضافه می کند.


NSP15 پاک سازی

محققان تصور می کنند که این پروتئین RNA باقیمانده ویروس را به عنوان شیوه ای برای پنهان کردن از دفاع ضد ویروسی سلول آلوده خورد می کنند.

منبع: نیویورک تایمز

ابن مطلب در حال به روز شدن است. تا ساعاتی دیگر کامل خواهد شد

ویدئو

کرونا ویروس

لزوم نگاه هوشمندانه تر به شیوع بیماری کووید ۱۹: مصاحبه دوم با دکتر Ioannidis استاد دانشگاه استنفورد

در یک مطالعه که توسط محققان دانشگاه استنفورد در امریکا از طریق انجام تست آنتی بادی بر علیهSARS-CoV- 2 در بعد جمعیتی در شهر سانتا کلارا انجام شده تخمین شیوع نشان دهنده آن است که بین ۴۸۰۰۰ تا ۸۱۰۰۰ نفر در این به این ویروس آلوده شده اند ، این تخمین ۵۰-۸۵ برابر بیشتر از تعداد موارد تایید شده توسط آزمایش می باشد و در واقع عفونت بسیار گسترده تر از تعداد موارد تایید شده است و لذا مرگ و میر بسیار کمتر از آن که تاکنون اعلام شده می باشد و نزدیک به میزان مرگ و میر آنفولانزا خواهد بود. آنها نتیجه گرفتند که این تخمین می تواند مورد استفاده قرار گیرد تا از آن برای کالیبراسیون پیش بینی های همه گیر و مرگ و میر و سیاست‌های بازگشایی استفاده کرد. نتایج این مطالعه به صورت پرینت منتشر شده و هنوز تحت داوری مستقل قرار نگرفته است […]

آموزش عملی

یافته های postmortem در بیماران کووید-۱۹

از کانال Peak Prosperity از دقیقه ۳ تا ۲۷ مربوط به این موضوع است. سایر قسمت های ویدئو به جوانب دیگر از جمله مسایل اقتصادی می پردازد.

آموزش بیماران و خانواده ها

نحوه صحیح پوشیدن ماسک

منبع: نیویورک تایمز به تدریج پوشیدن ماسک در مجامع و اماکن عمومی معمول تر می شود. با این حال بسیاری نحوه صحیح پوشیدن ماسک را رعایت نمی کنند. این احتمال نیز وجود دارد که برخی […]